一. 養殖業的規模發展對環境的污染
某市是成都市的生豬養殖牽頭縣，實施的“311”工程，將極大地促進經濟發展，隨著養殖規模的增長，養殖業環境污染問題將日益突出，具體表現在以下幾個方面：
1. 氮和磷的污染
畜禽糞便中含有大量的氮和磷的化合物，比如，肉仔雞糞便中含食入氮的50%、食入磷的55%；生長豬排出食入氮、磷的80%-85%。這給環境造成很大危害。據測算， 一個萬頭豬場，每年至少向豬場周圍排污3萬ｔ，其中含約107ｔ的氮和31ｔ的磷，這些氮和磷進入土壤后，會轉化為硝酸鹽和磷酸鹽，含量過高會使土地失去生產價值，造成地表水和地下水的污染，使水中硝態氮、硬度和細菌總數超標。
2 . 惡臭對環境的污染
畜牧業生產中的惡臭主要來自糞便、飼料發酵和家畜呼吸等，臭氣的主要化合物有二氧化碳、氨、硫化氫、甲烷、吲哚、糞臭素(甲基吲哚)以及脂肪族的醛類、硫醇、胺類等。臭氣中的氨氣、硫化氫和甲烷等，濃度低時可降低畜禽的生產性能，濃度高時可使幼畜中毒死亡，使養殖工作人員健康受損，易患呼吸道疾病。如果糞便排出后不能及時處理會使臭味增加，危害人畜的健康。
3. 畜禽糞便對環境的污染
畜禽糞尿是畜產廢棄物中數量最多、危害最嚴重的污染源。畜禽每天排出的糞尿量相當于體重的5%-8%。據測定：一個10萬只雞場，年產雞糞可達3600t，雞糞中BOD5總量為人糞尿的0.7倍；一個5000頭的豬場每天排出的糞尿約10t，一頭豬的排泄量相當于2個人的排泄量，豬糞尿中BOD5總量為人糞尿的13倍。畜禽糞尿不僅數量大，其所含的污染物數量和種類也非常多，主要包括：糞尿本身及其分解物所含的惡臭成分，糞尿厭氧條件下分解產生的大量硫化氫、氨、醇類、酚類、酰胺類、胺類和吲哚等有機物，大量的病原菌和微生物以及重金屬和獸藥等。這些物質可通過大氣、水體和土壤污染環境，產生惡臭，刺激人畜呼吸道，引起呼吸道疾病及導致畜禽生產力下降；招引蚊蠅，孳生和傳播疾病；污染飲用水、土壤和農作物，傳播人畜共患病及畜禽傳染病。
4. 污水對環境的污染
現在，以規模化豬場和奶牛場產生的污水數量最多。據統計：規模化養豬場每生產一頭肥豬約產生4t污水，一個年出欄一萬頭的肥豬生產線，每天清潔地面、沖洗糞溝及豬飲水時浪費而產生的污水總量為100-150m3，COD平均為1500mg/L，BOD5達1200-1300 mg/L，總氮量接近1100 mg/L，總磷量約為440 mg/L；豬場污水中可檢測出的病菌主要有：致病性腸桿菌、變形桿菌、綠膿桿菌、沙門桿菌、結核菌、布氏桿菌和豬丹毒等。
5.抗生素、藥物殘留對環境的污染
抗生素類藥物在畜產品中殘留對人類健康的影響越來越受到關注，某些藥物對人體具有“三致”、毒性作用(如氯霉素磺胺類等)和過敏反應(如青霉素類、四環素類、磺胺類等)。抗生素的安全性和耐藥性也是近年來人們關注的焦點。抗生素被動物吸收后，可以分布全身，但肝、腎、脾等組織分布較多，也可通過泌乳和產蛋過程而殘留在乳、蛋中，從而廣泛地在畜產品中殘留。抗生素的殘留不僅影響畜產品的質量和風味，也被認為是動物細菌耐藥性向人類傳遞的重要途徑。目前，在實際生產中不按規定劑量、范圍、配伍和停藥期使用抗生素的現象仍然存在。
6. 礦物元素對環境的污染
自Braude(1945)發現，日糧中添加高劑量銅(125-250mg/kg)可明顯提高豬的生產性能之后，高銅添加劑在生產上得到了廣泛應用。不僅如此，養殖戶為使豬只皮膚發紅、糞便變黑，銅的添加量已經達到或超過豬的最小中毒劑量。大劑量使用銅不但導致環境污染，破壞土壤質地和微生物結構，影響作物產量和養分含量，而且直接影響動物健康和畜產品的食用安全。隨著銅添加的提高，鋅、鐵等元素的添加量也相應增加。近年來，不少企業使用2000～3000 mg/kg氧化鋅來預防仔豬腹瀉。高鋅、高鐵的使用同樣會產生類似高銅的環境污染和食后中毒后果。
二. 種植業對環境的污染
現代農業主要依靠化肥、農藥的大量投入，這就使得生態系統原有的平衡被打破，農藥在殺死害蟲的同時，也使有益生物特別是鳥類、魚類等遭受滅頂之災。近幾十年來出現的全球范圍的生物多樣性退化也與農藥的使用有很大關系。土壤被譽為萬物之母，它是多種生物棲息的場所。研究表明，現代農業土壤中的生物活性只及傳統農業土壤的1/10。土壤有機物的耗竭，使其保水、保肥能力大大下降，這就加劇了水土流失和旱澇災害。我國"九五"期間重點治理的滇池、巢湖、太湖都是以水體富營養化為主要特征，而從農田流入水體的化學氮磷肥是造成湖泊營養化的重要原因。
近年來，越來越多的科學研究表明，食物中的農藥殘留對人體的影響不僅表現為直接的毒害，間接危害也很嚴重。有報道說，農藥在降解過程中將形成各種各樣的中間體，其中某些中間體的分子結構與動物體內的雌性激素十分相似，這可能是導致整個生物界(包括人類)雄性退化的重要原因。在日本，兒童皮膚過敏癥非常普遍，這與食物中的農藥殘留有關。
將農業生產從常規方式轉向綠色、有機方式，則可以從根本上解決這些問題。
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